Hasta hoy no existe una estadística precisa del número de organizaciones y colectividades que han sido exterminadas o gravemente destruidas por el genocidio y los procesos de exterminio sistemático.
Sin embargo, de los estudios realizados por las organizaciones defensoras de los derechos humanos en Colombia (proyecto Colombia Nunca Más, Banco de Datos de Justicia y Paz y Cinep; Comisión Colombiana de Juristas, Codhes.) podemos presentar como base inicial las siguientes modalidades de crímenes de lesa humanidad cometidas por el Estado por acción y omisión contra pobladores de diferentes regiones y organizaciones: tortura, ejecuciones extrajudiciales o arbitrarias individual o colectivamente, detenciones-desapariciones, genocidio y otras violaciones como: desplazamiento, amenazas, incendios, violaciones sexuales, etc, en el periodo comprendido entre 1965 y 2006.
4’000.000 de desplazados y refugiados políticos. Al menos 65.000 homicidios. Al menos 10.000 detenidos desaparecidos y personas sepultadas en fosas comunes. 6’000.000 de hectáreas robadas a las víctimas.
En el caso particular de los paramilitares se les atribuyen desde 1988 al 2002 la cantidad de 14.700 casos de homicidios y desapariciones y de 2003 a 2006 la cantidad de 3100 casos de homicidios y desapariciones.